Юный музыкант Кубо наслаждался безмятежной жизнью на берегу океана. В их небольшом селении никогда не случалось ничего необычного, и никто не ждал перемен. Но они наступили, когда в жизнь юноши и его матери ворвался мятежный дух, жаждущий отмщения. Заново узнавая историю своего происхождения, Кубо открывает в себе новые, ранее неизведанные способности и понимает, что он, в сущности, очень похож на отца, которого никогда не видел — легендарного воина, прославленного самурая, павшего в битве со злом.