DU mārketinga direktors Jānis Kudiņš portālam Gorod.lv paziņoja, ka 5. augustā ir noslēgusies pieteikumu pieņemšana maģistrantūras programmās, līdz ar to, kopā ar bakalaura programmām jau ir parakstīti līgumi ar vairāk nekā 370 studentiem.
Kopš 2009.gada 1.septembra Daugavpils Universitātē tiek realizēts ESF projekts „Atbalsts Daugavpils Universitātes maģistra studiju īstenošanai’’ , kura ietvaros tiek piešķirtas mērķstipendijas DU realizētajās akadēmiskā maģistra studiju programmās: „Bioloģija", „Fizika", „Matemātika", „Datorzinātnes" un profesionālajās maģistra studiju programmās „Māksla" un „Vides plānošana".