Главные герои этой истории — две рыбки-клоуны, живущие на Большом Барьерном рифе, — Марлин и его сын Немо. Немо становится жертвой дайвера, дантиста из Сиднея, тот ловит его и сажает в аквариум. Марлин, в жизни не покидавший свой риф, отправляется в одиссею в открытый океан на поиски своего сына. В наполненном опасностями путешествии его сопровождает Дори, ужасно дружелюбная и чрезвычайно забывчивая рыбка. Тем временем, отчаянный пленник и его заточенные в аквариуме друзья по несчастью вынашивают план побега из стеклянной тюрьмы…