Сразу же после решения Кассационного суда Агджа был снова арестован и препровожден в ту же тюрьму, из которой только недавно вышел. По решению Кассационного суда Агджа должен отправиться за решетку доотбывать наказание за убийство в 1979 году главного редактора газеты «Миллиет» Абди Ипекчи и два других преступления (грабеж и разбой), совершенные в Турции.
При этом в вынесенном вердикте указывается, что на него распространяется только одна амнистия от 1991 года, по которой смертный приговор террористу за убийство журналиста был заменен на пожизненное заключение, а впоследствии сокращен до 20 и 10 лет тюрьмы.
Срок, который Агджа отбыл в Италии за покушение на понтифика (19 лет и один месяц), Кассационный суд не стал принимать во внимание, отметив, что в Турции амнистия не распространяется на преступления, совершенные за рубежом. По мнению главного прокурора Кассационного суда Турции, Агджа будет сидеть в тюрьме минимум до 2014 года.